引用星雲法師對藥師佛十二大願的講解：
第一大願：生佛平等願。
「願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照曜無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相八十隨好莊嚴其身，令一切有情如我無異。」
藥師如來願將來成佛時，身放光明，遍照一切世界，並且以三十二相八十種好莊嚴其身。同時也希望一切有情正報就和自己一樣，身相光明，眾好具足，無有差異。一切眾生皆有佛性，祇因無明所覆，不能顯發，所以藥師如來希望以佛光淨除眾生煩惱的塵垢，修行成佛。
第二大願：開曉事業願。
「願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月，幽冥眾生悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。」
第一大願著重於佛陀的法性身，顯示生佛平等。本願則著重在從法性而起應化身，開曉眾生。凡夫的色身中也具有琉璃智光，因為血肉煩惱障礙，不能內外明徹。藥師如來放光時，住在黑暗世界的眾生，受到佛光的照耀，一切黑暗都能破除，幽冥眾生悉蒙開曉。如同盲者得眼，能在光明熙和中，隨意所趣，平等自由地經營各種事業。因此，佛菩薩化世，不但以身心修養開導眾生，也以一切知識、技能利益眾生。
第三大願：無盡資生願。
「願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。」
現世科技昌明，帶給人類衣、食、住、行上種種物質的享受，這都是方便之用。然而不能以無量無邊的智慧作為妙體，所以有用而非妙用，此有彼無，起貪瞋癡，互相爭奪，世界禍亂也因而不曾間斷。因此，藥師如來希望眾生能具光明智慧，使鬥爭永息，世界和平，人民衣食豐富，所有資生受用無有缺乏。
第四大願：安立大道願。
「願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中，若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。」
第二、第三大願著重在事業與物質的受用，是屬於物質文明。第四大願則特別著重於正知正見的具足，希望不信因果而造作種種惡業，向於三惡道的眾生，都能捨離邪道，得聞佛法，修習戒定慧。又願聲聞、獨覺行者都能回小向大，會三歸一，入於究竟的大乘。
第五大願：戒行清淨願。
「願我來世得菩提時，若有無量無邊有情於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒；設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。」
一至四願是「與樂」，此願以下是「拔苦」。眾生受持戒法，如果因為一時無明而不能圓滿持守淨戒，有所毀犯，只要聽聞藥師如來聖號而如法懺悔，就能不墮惡趣。
第六大願：諸根具足願。
「願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚、盲聾瘖瘂、攣躄背僂、白癩癲狂，種種病苦，聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。」
藥師如來不但希望身體患有重病、器官殘缺的眾生可以因為聽聞如來名號而六根完具，相貌端嚴，即使心性魯鈍，冥頑不靈等心理不健康的各種病患，也都能得到妥善救治，獲得身心端嚴的美好人生。
第七大願：身心康樂願。
「願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦。我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。」
第六願著重於醫治身心所感染的各種惡疾，而此願則特別著重在貧病的救拔。佛陀的慈悲普及一切，尤其對孤苦貧病的眾生，更是關懷、護念和救濟。
第八大願：轉女成男願。
「願我來世得菩提時，若有女人為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身，聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。」
在大乘佛法中，男女本來就是平等一如的，不過因為女眾的苦事極多，因此，特別立願，使厭惡女身而想捨離女身的，只要聽聞如來名號，都能轉女成男，具丈夫相，乃至成就佛道。
第九大願：回邪歸正願。
「願我來世得菩提時，令諸有情，出魔羂網，解脫一切外道纏縛，若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。」
此願揭示有情眾生被邪魔外道誘惑纏縛，而生起種種的邪見，如蛾赴火，自燒自爛，由於藥師如來的本誓願力，使他們轉邪歸正，漸漸修習六度萬行，速證菩提。
第十大願：解脫憂苦願。
「願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，縲縛鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難凌辱，悲愁煎迫，身心受苦，若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。」
此願是為濟拔犯法受禁的眾生所立。也就是只要有眾生因冤枉而受法律懲罰，或一時無知，犯了殺盜淫妄等罪過，或受種種的災難及欺凌侮辱等眾苦逼迫，而悲傷憂愁，如果能稱念藥師如來聖號，至誠懺悔，即可解脫一切苦難。
第十一大願：得妙飲食願。
「願我來世得菩提時，若諸有情，飢渴所惱，為求食故，造諸惡業，得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，後以法味，畢竟安樂而建立之。」
「欲令入佛智，先以欲鉤牽。」因此，藥師如來先以上妙飲食令眾生飽足，然後以清淨無漏的法味，使眾生獲得究竟安樂。
第十二大願：得妙衣具願。
「願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱，若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所翫，皆令滿足。」
藥師如來發願使一切貧苦眾生，隨其心意所需，獲得衣食豐富，受用莊嚴。
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